Deus Ex: Invisible War to kontynuacja znakomitej gry akcji z 2000 roku, która umiejętnie łączyła w sobie elementy cRPG z wciągającą cyberpunkową fabułą. Druga część rozgrywa się w roku 2072, w 20 lat po wielkiej ekonomicznej katastrofie i wydarzeniach, które miały miejsce w Deus Ex. Gracz wciela się w rolę cybernetycznie ulepszonego agenta Alex Dentona (może to być mężczyzna lub kobieta). Akcja Invisible War rozpoczyna się w momencie, gdy nasz bohater (lub bohaterka) ucieka z Chicago, tuż przed zniszczeniem akademii Tarsus w wyniku samobójczego ataku terrorystycznego. Przenosimy się do alternatywnej lokacji w Seattle, lecz i tu dopada nas konflikt pomiędzy ogromnymi korporacjami i różnymi organizacjami terrorystycznymi, które w różny sposób widzą przyszłość świata po wielkiej katastrofie.